En cada finca se sigue también un estricto protocolo de ordeño con medidas higiénicas como lavado de manos y de equipo, utilización de guantes, desinfección de instalaciones y control de la mastitis en las vacas, que es la inflamación que se produce en la glándula mamaria y que puede deberse a un sobre ordeño o a la presencia de bacterias.
El control que exige la producción de cualquier tipo de queso es muy grande e inicia con evitar que la leche venga contaminada con antibióticos o diluida en agua. Lo primero, porque el antibiótico se traslada al producto y, lo segundo, porque además de que no pasa los estándares de calidad requeridos, diluye la proteína, que es la materia prima del queso.
Cuando una vaca debido a una afección debe ser tratada con antibióticos, se separa del rebaño con el fin de su leche no se mezcle con la de las demás y se lleva un registro de su caso.